Vuonna 1947 elettiin toiveikkaita aikoja. Vaikeat sotavuodet olivat takana ja Suomi oli aloittamassa pitkää nousuaan takaisin jaloilleen. Työtä riitti ja kansa kaipasi sen ohelle vapaa-ajan toimintaa. Myllykoskella, paikallisen paperitehtaan johdossa ymmärrettiin urheilun merkitys kansalaisryhmiä yhdistävänä tekijänä. Paikkakunnalla oli harrastettu jalkapalloa jo aiemminkin ja tehdas oli rakennuttanut myös erinomaisen katsomoineen. Niinpä joulukuussa 1947 perustettiin Myllykosken Pallo -47 jalkapalloilun paikalliseksi erikoisseuraksi.

Keväällä 1948 pelattiin seuran ensimmäinen ottelu. Yhdeksäs huhtikuuta, Kouvolan torilla ystävyysottelussa vastaan asettui paikallinen KUP. Pelit jatkuivat samana kesänä, kun seura otti vastaan MyKV:n paikan maakuntasarjassa. Joukkue porhalsi nuoruuden innolla ja jo vuonna 1949 karsittiin noususta Suomi-sarjaan. Tappio Vaasassa lopetti kuitenkin nousupyrkimykset.

50-luvun alku pelattiin edelleen maakuntasarjassa. Aallonpohja koettiin vuonna 1954, kun joukkue putosi aluesarjaan. Neljä vuotta myöhemmin päästiin juhlimaan nousua, mutta visiitti maakuntasarjaan jäi vielä yhden kauden mittaiseksi.

Seuran historian taitekohdaksi muodostui vuosi 1960. MyPa rynnisti ylös maakuntasarjaan, eikä sittemmin ole enää tätä alemmas vajonnut. Jalkapalloharrastus eteni paikkakunnalla tasaisesti ja yhtä tasaisesti MyPa raivasi paikkaansa suomalaisen jalkapalloilun keskitasolla. Mestaruuksista ei vielä unelmoitu, mutta tehtaan kenttä – seuran silloinen koti – alkoi kerätä mainetta vaikeana vieraspelipaikkana mestaruussarjalaistenkin keskuudessa.

70-luku kirjautui MyPan historiaan vahvan kehityksen aikana. Vuosikymmenen avausvuonna joukkue nousi ensimmäisenä maaseutujoukkueena II divisioonaan. Nousukiito jatkui vuonna 1972 ensimmäiseen divisioonaan ja kaksi kautta myöhemmin juhlittiin historiallista nousua mestaruussarjaan. 27-vuotias seura oli noussut pinnalle.Vielä ei kuitenkaan ollut jatkuvan menestyksen aika. Heti seuraavalla kaudella joukkue putosikin takaisin ykkösdivisioonaan. Paikkakunta oli pieni ja mahdollisuudet joukkueen vahvistamiseksi tuolloin vähäiset. Vuosikymmenen loppuajaksi seura jumiutui toiseksi korkeimmalle sarjatasolle.

80-luvun alkuun mennessä MyPan vauhti alkoi hiipua. Vuodesta 1982 alkaen voimia kerättiin kolmen kauden ajan kakkosdivisioonassa, mutta 1984 saatiin viettää seurahistorian kuudensia nousujuhlia. Sittemmin Myllykoskella ei olekaan enää nähty kakkosdivarijalkapalloa, eikä maan toiseksi korkeimmalle tasollekaan aiottu pitkäksi aikaa jäädä. MyPa vietti vietti 80-luvun loppuvuodet ykkösdivisioonan kärkitaistelussa. Se mahdollisti toiminnan kehittämisen sille tasolle, että tie ylimmälle portaalle olisi raivattavissa

Vuosituhannen viimeisen vuosikymmenen alkajaisiksi vanha mestaruussarja kuopattiin ja tilalle perustettiin Veikkausliiga. Myös MyPa oli valmis uuden ajan haasteisiin. Kesän 1991 päätteeksi, kuudentoista vuoden tauon jälkeen joukkue raivasi tiensä takaisin korkeimmalle sarjatasolle. MyPa oli taas pinnalla, eikä enää aikonut palata takaisin. Myllykoskella oli nyt saavutettu ammattimaisen jalkapalloilun taso. Valmennus oli huippuluokkaa ja talviharjoittelua varten rakennettiin lämmin harjoitushalli. Suuret panostukset kantoivat myös hedelmää. Syksyllä 1992 joukkue sijoittui liigassa upeasti neljänneksi ja selvitti tiensä Suomen Cupin loppuotteluun. Pietarsaaren Jaro kaatui finaalissa ja portti Euroopan kentille oli nyt auki. Vuotta myöhemmin MyPa sijoittui sarjassa hopealle, häviten mestaruuden vasta viimeisessä ottelussa. Cup-voittajien cupissa tie nousi pystyyn ensimmäisellä kierroksella islantilaista Valuria vastaan, maalierolla 4-1.

Hopeaputki alkoi 1993, mutta jo 1994 saavutettu toinen sija tuntui aavistuksen katkeralle, mestaruuden vienyt TPV ei jäänyt kuin kahden pisteen päähän. Uefa-cupissa otettiin kuitenkin askel eteenpäin, kun Inter Bratislava nujertui karsintakierroksella maalein 3-1. Ensimmäisellä varsinaisella kierroksella koettiin ripaus epäonnea, portugalilainen Boavista meni jatkoon loppuhetkien maalillaan.

Hopea saatiin jälleen liigakaudella 1995, ja cupissa päästiin uudelleen mestaruusshampanjan makuun. Uefa-cupissa MyPan kovuuden sai kokea Skotlannin hopeajoukkue Motherwell. Skottien kanssa väännettiin kaksi ottelua maalierolla 3-3, mutta MyPa meni jatkoon. Noppaonni toi ensimmäisen varsinaisen cup-kierroksen vastustajaksi kivikovan PSV Eindhovenin. Ottelupari avattiin Lahden stadionilla ja MyPa taisteli upean 1-1 –tasapelin. Vieraissa hollantilaiset antoivat kuitenkin vuosikymmenen kovimman oppitunnin ja takoivat taululle tylyt 7-1 –voittolukemat.

Vuotta myöhemmin MyPa kuittasi jälleen jo tutuiksi tulleet liigan hopeamitalit. Myös Cup-voittajien cupissa edettiin perinteeksi muodostuneen kaavan mukaan ensimmäiselle kierrokselle.

Azerbaidzanlainen Garabag Agdam taipui karsinnoissa, tie nousi jälleen pystyyn todellista huippujoukkuetta vastaan. Kotiottelu Liverpoolia vastaan myytiin muutamassa hetkessä loppuun, eikä MyPa taipunut Goljatin edessä missään vaiheessa. Liverpool meni kuitenkin jatkoon yhteismaalein 4-1.

Kaudet 1997 sekä 1998 vietettiin pienen taantuman kourissa. Sijoitukset sarjassa olivat viides ja seitsemäs. Loppukesällä 1997 Apollon Limassol osoittautui Uefa-cupissa liian kovaksi vastustajaksi luvuin 4-1, eikä europelejä nähty lainkaan vuotta myöhemmin.

Vuonna 1999 Myllykoskella pelattiin jälleen mitaleista. Joukkue taisteli itsensä lopulta pronssille ja nyt mitalikahvit maistuivat taas hyvälle.Uuden vuosituhannen kunniaksi MyPa uusi kolmossijansa vuonna 2000 Veikkausliigassa ja palasi jälleen kansainvälisille kentille. Sveitsiläinen Neuchatel Xamax FC oli kuitenkin Intertoto-cupissa parempi tuloksella 5-4.

Pronssisarjaa jatkettiin kaudella 2001 ja Uefa-cupissa oteltiin maaotteluhengessä Helsingborgs IF:n kanssa. Mestareiden liigassa vuotta aiemmin esiintyneet ruotsalaiset voittivat molemmat osaottelut ja jatkoivat kisaa tuloksella 5-2.Kaudella 2002 mitalien väri kirkastettiin hopeaksi. Uefa-cupissa pelattiin hyvät ottelut tanskalaista Odense BK:ta vastaan. Tappio tuli kuitenkin tuloksella 2-1. Vuotta myöhemmin menestyskäyrä liigassa kääntyi laskuun ja sijoitus oli neljäs. Edellisen vuoden hopeatilan ansiosta pelattiin kuitenkin Uefa-cupia.Ensimmäisellä karsintakierroksella voitettiin sveitsiläinen BSC Young Boys luvuin 5-2. Toisen kierroksen vastustaja oli astetta kovempi ja ranskalainen FC Sochaux oli parempi yhteistuloksella 3-0.Kaudella 2004 liigamenestys jäi vaatimattomaksi. Sijoitus oli kahdeksas. Kauden kuitenkin kruunasi toistaiseksi viimeisin Cup-mestaruus ja kansainväliset ottelut oli jälleen taattu seuraavaksi kesäksi. Uefan Intertotossa vastaan tuli FC Zlin, joka meni menojaan tuloksella 4 - 3.

2005 saavutettiin vihdoin kauan kaivattu Veikkausliigamestaruus. Myös UEFA-Cupissa menestyttiin.

1. karsintakierros toi voiton FC TVMK:sta 2-1. Toisella karsintakierroksella jatko varmistui vierasmaalien ratkaistessa voiton 2-2. Seuraava vastustaja, Sveitsin Grasshoppers vei kuitenkin MYPAn hyvästä esityksestä huolimatta voiton 4-1 tuloksella.

2006 ei tuonut menestystä Veikkausliigassa. Sijoituksena 6. sija. Sen sijaan Mestarien liigan karsinnoissa edettiin toiselle karsintakierrokselle Walesilaisen FC The New Saintsin kukistuttua maalein 2-0. Arpaonni toi tämän jälkeen vastustajaksi Tanskalaisen FC kööpenhaminan, jolle nöyrryttiin lopulta pistein 2-4.

FairPlay -onnetar suosi MyPaa 2007. 1. karsintakierros lennätti joukkueen Islantiin, jossa vastaan asettui EB/streymur. Melko helpon 2-1 voiton jälkeen heitti arpaonni seuraavaksi vastustajaksi Valioliigaseura FC Blackburnin. Lähes loppuunmyyty katsomo sai todistaa MyPan niukkaa 0-1 kotitappiota, mutta vieraissa Blackburn näytti voimansa ja pudotti joukkueen maalein 1-3.

2008 liigasijoitus oli edellisen 2007 vuoden lailla 5. Seuraava vuosi 2009 toi tullessaan seuran Veikkausliigahistorian alhaisimman sijoituksen. Joukkue taisteli vaikean kauden päätyttyä itsensä   turvallisesti yhdeksännelle sijalle. sama sijoitus seurasi myös 2010, mutta tuolloin päästiin jälleen nauttimaan kansainvälisistä peleista FairPlay arvonnan kautta. MyPa päihitti hurjin lukemin ensimmäisellä kierroksella JK Narva Transin 7-0 ja toisella kierroksella jatkoi samaa voittokulkuaan Andorralaista UE Sant Juliaa vastaan lukemin 8-0. Mypa oli jo lähellä yllättää ja päästä kolmannella karsintakierroksella jatkoon UEFA-liigassa. Romanialainen FC Timisoara vei kuitenkin lopulta voiton kokonaismaalein 4-5.